这里可能叫“发行版”更合适些，Linux 本身是一个操作系统内核，需要依赖很多关键的程序配合才能工作（比如说可以用 pstree -p 命令打出当前系统运行的所有进程及其依赖关系），apt yum 之类的属于发行版提供的工具。我们常说的 “Linux 系统” 主要是一个比较泛化的概念，通常是为了给大众建立认知的需要产生的。
一般的 Linux 系统是 Linux 内核和围绕着它的各种工具组成，其中有许多 GNU 工程写的工具，然后 GNU 这一派叫它 GNU/Linux。参考 1.2. 什么是 GNU/Linux？
这背后也有一系列的 命名争议，推荐有兴趣看看。