hsxfjames 像论文这种格式复杂的排版，用markdown是不太可行的。比如单纯插图而言，LaTeX 的 figure 环境支持插多个子图，并且给每个子图都生成 caption，而 markdown 是做不到的。
还有表格，LaTeX支持各种复杂的跨行、跨列等表格排版，markdown就只能很简单的纯单元格排版了。
要满足足够灵活的论文撰写，除非对markdown做更多的扩充，让它能应对和表达更复杂的排版，否则还是免不了要自己写LaTeX，这又达不到简化的目的了。而经过扩充后的 markdown ，本质上只是 LaTeX混杂Markdown的一套新方言，还不如直接学 LaTeX。
关于简化+生成LaTeX，我也做过尝试，不过不是在论文上，而是更结构化的简历上。本质上就是把简历的每一个信息抽成YAML里的一个字段，再从YAML生成LaTeX再生成简历。为此我专门写了一个可视化的简历编辑器。你可以关注这个项目：https://github.com/wzpan/LiveCV
这个简历生成系统支持继承和定制渲染器，支持动态拉取Github贡献数据加进简历中（为此我设计了 $star 和 $fork 两个宏）。还借鉴了Git的钩子思想，可以写钩子在渲染的各个阶段定制流程，通过钩子的灵活应用，可以弥补YAML过于简单的问题。
项目的一个 prototype 在这里可以预览（PC端体验最佳）：http://livecv.hahack.com:8021/
论文比起简历，灵活性要求高太多，所以我并不认为能用这个方式。
